Sesuai dengan Permendagri 86 Tahun 2017 dan UU No. 23 Tahun 2014, visi-misi kepala daerah adalah visi-misi perangkat daerah, artinya OPD bertugas membantu Bupati/Wabup mencapai tujuan tersebut, bukan membuat visi sendiri. Maka dari itu, Adapun Visi Misi RSUD Waru Pamekasan adalah sebagai berikut:
Visi:
Bangkit Bersama untuk Pamekasan Maju
Misi:
Mewujudkan transformasi sosial yang produktif melalui sumber daya manusia yang unggul
Mewujudkan akses dan kualitas infrastruktur pelayanan dasar dalam rangka konektivitas antarwilayah secara terpadu
Mewujudkan pembangunan ekonomi yang inklusif berbasis potensi lokal untuk mengurangi kesenjangan, pengangguran dan kemiskinan
Mewujudkan karakter masyarakat agamis, berbudaya dan harmonis yang memegang teguh nilai kepedulian sosial, kewargaan dan pelestarian lingkungan
Mewujudkan tata kelola pemerintahan yang akuntabel, inovatif dan lincah untuk pelayanan publik yang responsif terhadap aspirasi masyarakat.